大都市・東京で、突然サイバーテロが発生した。
さらには巨大破壊ロボット「ブラックオックス」が飛来し、
街を次々と破壊していく。
首謀者「ゼロ」の目的は、自らが開発したバイオコンピューターで理想郷をつくりあげることだった。
日本中はパニックに陥った。

金田正太郎は、母・陽子と二人暮しの小学生。
そんな、正太郎の元に見知らぬ老人・綾部から一本の電話が入る。
「あなたのお父さんのことでお話があります。」それは亡き父・正一郎が遺した「鉄人２８号」の存在だった。

綾部は、正一郎の遺言と正太郎のリモコン操作の適正を説き、鉄人２８号を操縦してブラックオックスと戦うよう正太郎を説得する。
正太郎は、とまどいながらもリモコンを手に取り、ブラックオックスに立ち向かう決心をしたのだった。
父の遺言、母の愛情、友達の勇気、そして天才科学者・立花真美による鉄人２８号のパワーアップ。
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