#!/usr/local/bin/perl

while( <STDIN> ){
  $FileName1 = $_;
  $FileName2 = $_;
  if( $FileName2=~m/・/g ){
    $FileName2=~s/・/\./g;
    rename( $FileName1 , $FileName2 );
  }
}

これを適当にren.plとかで保存して
dir /b * > tmp.txt
perl ren.pl < tmp.txt
で出来るかな？