29話：ニコル死亡
30話：トール死亡。キラ失踪。ディアッカ捕虜に。
31話：ＡＡ、オーブにキラの探索を依頼後、そのままアラスカへ航路をとる。
32話：アスランはザフトのプラントへ。（キラも同行、ラクスと再会）
33話：キラ、クライン議長の計らいによりフリーダムに乗り地球へ降下。
34話：アスラン、ジャスティスで地球降下後にザフト離反。シーゲル・クライン暗殺。
35話：ＡＡ、アラスカ到着。ディアッカとミリィが急接近。（三人組顔見せ）
36話：簡単な補給の後パナマへ向かう。ナタルがＡＡを降りる。連合ＭＳ量産化。
37話：キラがオーブに戻りカガリと再会。そこでカガリが自分の姉だと知らされる。
38話：スピットブレイク始動。アスランがキラ・カガリの元へ（半分、総集編）
39話：ムウとラウが交戦するが決着つかず。（半分、総集編２）
40話：三人組とキラ・アスランが戦闘。しかし三人組は逃亡。
41話：キラ・アスランがＡＡに合流。パナマより宇宙へ。
42話：ＡＡが襲われるがキラ・アスラン・ディアッカ・フラガが出撃して撃退。（新ストライク出撃）
43話：ＡＡオーブの中立コロニーに極秘に入港。地球軍、月に艦隊集結。
44話：キラ・アスランが三人組と再対決。ザフトも参戦し乱戦状態、カラミティ撃墜。イザーク死亡。
45話：ザフト艦隊も集結。ザラ委員長はクルーゼに暗殺される。ザフト、コロニー落しへ。
46話：オーブ、コロニー落し阻止のため参戦。ナタル死亡。レイダー撃墜。ホビィドゥン逃亡。
47話：フラガとクルーゼ交戦、ともに死亡。（クルーゼはフェイク）連合とザフトの総力戦開始。
48話：フレイが乱心してキラに発砲、それを庇ったサイが死亡、フレイ精神崩壊。
49話：ザフト降伏を宣言。フォビドゥン、バスター相打ち。ディアッカ死亡。
50話：クルーゼ率いる地球軍の強行派が核も使ったコーディネータ虐殺を開始。
51話：決戦。両方疲弊して戦いが膠着状態になったところにラクスの歌が流れて戦いを一時止める。
52話：アスラン、キラを庇いジャスティス大破。クルーゼ死亡。後半はエピローグ。