マトリックスで人間を生かしておくのに完璧な世界では無理が生じる。
そのために設計者と預言者はネオ(救世主)とザイオンを作った。
今回のネオは６人目に当たる。

過去５回のネオはいずれも「トリニティを救う／ザイオンを救う」の選択で
「トリニティを救う」を選び、ザイオンは滅びる結果になった。
その度に設計者は新しいザイオンを作ってきた。

今回のネオも「トリニティを救う」」選んだため、
再びザイオンは滅亡してしまうが、
しかしザイオンがある世界自体も現実ではなく、仮想世界だった。