FTPで接続したとき、自分のディスク領域以外も見えるようですが…？ 

他人の領域や管理上重要な部分は読み取り・書き込みができないように制限されていますので心配ありません。
FTPからは見れないようにしてもよいのですが、TELNETで接続すればどちらにせよ見れますのであまり意味がありません。