前作の続きでZION滅亡の危機→ﾓｰﾌｨｱｽ一行ZIONﾀﾞｯｼｭで戻る
→途中でﾈｵﾏﾄﾘｯｸｽ言ってｵﾗｸﾙと話す→ﾈｵﾏﾄﾘｯｸｽの中枢行くことを決意
→ﾓｰﾌｨｱｽと別れてﾈｵとﾄﾘﾆﾃｨｰで中枢に向かう→ﾓｰﾌｨｱｽ一行はZION
→ZIONはｲｶと戦って滅亡寸前→ﾓｰﾌｨｱｽ達間に合って救うもﾏｼﾝ軍の応援超多い→ﾋﾟﾝﾁ
→ﾈｵ&ﾄﾘﾆﾃｨｰは中枢つくも事故ってﾄﾘﾆﾃｨｰ死ぬ→ﾈｵはﾒｲﾝｺﾝﾋﾟｭｰﾀと話してｽﾐｽ倒すからZION攻撃するなと取引
→ﾈｵvsｽﾐｽ→ﾈｵ勝利で総ｽﾐｽ化した人類が元に戻る＆ﾏｼﾝの援軍撤退でZION助かる
→ﾈｵは力を失うも映画はﾊｯﾋﾟｰｴﾝﾄﾞ