前作の続きでZION滅亡の危機→モーフィアス一行ZIONダッシュで戻る →途中でネオマトリックス言ってオラクルと話す→ネオマトリックスの中枢行くことを決意 →モーフィアスと別れてネオとトリニティーで中枢に向かう→モーフィアス一行はZION →ZIONはイカと戦って滅亡寸前→モーフィアス達間に合って救うもマシン軍の応援超多い→ピンチ →ネオ&トリニティーは中枢つくも事故ってトリニティー死ぬ→ネオはメインコンピュータと話してスミス倒すからZION攻撃するなと取引 →ネオvsスミス→ネオ勝利で総スミス化した人類が元に戻る&マシンの援軍撤退でZION助かる →ネオは力を失うも映画はハッピーエンド