アポトーシスは元来形態学的に定義された概念であり、細胞壊死（ネクローシス）と対照的な細胞死の様式である。
アポトーシスに陥った細胞は収縮し、核が濃縮し断片化する。
断片化した核が細胞膜に包まれたアポトーシス小体が形成され、これは食細胞により処理される。
この過程は一連の遺伝子により制御され、エネルギーを消費し能動的に遂行される。
ネクローシスと異なり原則的に炎症を惹起しないという性質より、生体内の細胞環境のホメオスターシスを維持する重要なメカニズムである。
免疫系の発達、調節にも深く関与しており、特に胸腺における自己反応性Ｔ細胞の除去など免疫学的寛容の成立には必須である。