ウォルター、ダニエルズ、護衛部隊隊長のロペはコヴェナントに搭乗し惑星を脱出するが、ロペの体内にはプロトモーフの幼体が宿っている。 
ロペからプロトモーフの幼体が誕生し、コヴェナント船内に姿を消す。 
パイロットのテネシー、ダニエルズ、ウォルターは協力してプロトモーフを誘い出し、隔壁を開いて宇宙空間に放り出す。 
ダニエルズ、テネシーは当初の計画を続行するため、最終目的地となる惑星を目指して冷凍休眠に戻る。 
休眠カプセルに入ったダニエルズは亡くした夫ブランソンについて話すが、ウォルターは彼の名前を認識できない。 
ダニエルズはその時、ウォルターのプログラムがデイヴィッドにより書き換えられていることに気付くが、彼女はそのまま休眠についてしまう。 
ウォルターは二千人の入植者が休眠している室内に入り込み、自らの体内からフェイスハガーの卵を２つ取り出し放置する。 

続く