西暦2020年。
第3次世界大戦が勃発し、核兵器をはるかに超える細菌兵器を使った。
そのため地軸はねじ曲がり、地震や大津波が襲い、文明は崩壊。
絶滅の危機に瀕した人類の一部は宇宙空間への脱出をはかったが、
狂った地球の引力によりロケットは地球に引き戻されたのだった。


物語は、それから20年後の孤島で始まる。
大陸の大部分は海に没し、わずかに残された陸地で生き残った人類は暮らしていた。
そのひとつ、のこされ島にコナンはおじいと二人きりの生活を送っていた。