前作『２８日後...』で壊滅したイギリス。
感染者は５週目で餓死により全滅。
アメリカ主導で編成されたＮＡＴＯ軍が派遣され、２８週後にロンドンの再建が始まった。
生き残ったドンは、国外にいた事で助かっていた二人の子供(姉・タミーと弟・アンディ)をイギリスに迎え入れる。
二人の母親が生きて発見された事から、再びウィルスの危機が始まる…。