封印されていた、第六の使徒が次々と封印を突破していく。 
対峙するマリの仮説五号機。鶏頭の使徒と激戦の上相打ちとなる・・・ 
使徒とともにネルフ支部と、エバ五号機は失われた。 
加持・碇指令の思惑の通りに・・・ただ、マリの脱出と言うことを除いて。 

母親の墓参りに同席する、シンジとゲンドウ。 
わかり合えない二人だが、シンジは感謝の言葉をかける。 
帰り道、葛城とシンジの乗る車は、襲来する新たな使徒の攻撃に巻き込まれる。 
航空機から発進、即時迎撃に当たったのは、エバ二号機とアスカだった。 

撃退したアスカは、自分の優秀性とエコヒイキ・ナナヒカリといって、 
レイとシンジを拒絶する。学校生活が始まるも、関係は改善しない3人。 
そんな時、加持の心遣いで社会科見学と称し、セカンドインパクト前の海洋 
生物の保護と、赤く染まった海を青く戻すけんきゅうをしている施設に 
レイ・シンジ・アスカ・トウジらが赴く。 

見学後、シンジの持参した弁当を歓談しながら囲む面々。 

そんな中大気圏外から襲来する、落下型の新たなる使徒が現れる。 
葛城の可能性１％以下の作戦は、エバ三体による落下を受け止めて、コアを 
破壊する作戦。前作同様だが、この作戦により、アスカは一人では何も 
出来ないことに気づかされる。この時からシンジとアスカの関係が好転 
していく。二人は腹を割って話すようになる。