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カスケードブラックホールと呼ばれる移動性ブラックホールによって地球を含む太陽系が飲み込まれることがわかり、人類は移住計画を実行する。
移住先はアマールという惑星の衛星。
地球からは3万光年弱の距離。
 
移民船と護衛官がそのアマールへ向かっていると、敵の攻撃が始まり、
司令官であり艦長の古代雪は行方不明に。
その後は、ヤマトの登場、敵との戦い、何とか無事に第3次移民船を送り届ける。
後半は、移民船数隻と主に地球に戻り、残りの人々を連れて行く。

が、そこへ異次元だかの異星人が古代達に告げる。
カスケードブラックホールは人工のもので、
自分たちがいる異次元に物資を供給していると。

それを聞いた古代はただちにカスケードブラックホールを解析。
すると、発生源となっている人工の物体を発見！
ただちに6連波動砲の一括発射を行い地球は救われる・・・


なんで異次元だかの異星人は律儀にそんな弱点教えてくれたの？(;´Д`)