創聖紀0011年の地球――人類は、すでにその人口の2/3を失っていた。
11年前の大異変が原因である。南極の氷が溶解し、1万2千年前に滅び
たはずのアトランディアが出現、翼をもつ“堕天翅族”が蘇った。
彼らは高度な科学で作り上げた生物機械兵器“神話獣”を次々と人類の都市に送り込み、人間を捕獲していった。
生体エネルギー“プラーナ”を摂取するためである。


「もう一人の翼…　“太陽の翼”が氷の街に、目を覚ます…」
異変後に、特殊機関“地球再生機構ディーバ（DEAVA）”が設立された。
そのエレメント候補生リーナは、アトランディアの勇者“太陽の翼”の復活を予言する。


人類は反撃を期して、海底遺跡から3機のハイブリッド戦闘機“ベクターマシン”を発掘していた。
1万2千年前、堕天翅族を滅亡へ追い込んだとされる伝説の兵器である。
ベクターマシンが合体することにより、 “機械天使アクエリオン”が姿を現す。
アクエリオンを動かすには、マシンの機械生命と感応、共鳴できる“エレメント”と呼ばれる人間が必要だ。
“エレメント”とは、大異変後の電磁場変化によって特異な能力が呼び覚まされた者たちである。
彼らはその生体フィールドによって堕天翅族の催眠攻撃から身を守ることができた。
その中でも特にアクエリオンの搭乗者は鋭敏な五感や純真な魂が要求
されるため、10代半ばの少年少女たちがパイロットとして集められた。


救世主となる“太陽の翼”を捜索していたエレメントのシルヴィアは、ターゲットを発見して愕然とする。
その少年、アポロは、盗んだ食料で生き延びている獣のようなストリート・チルドレンだったのだ。


そのとき、堕天翅族の“ケルビム兵”と“収穫獣”が襲いかかってきた。
彼らもまた、“太陽の翼”を狙っていたのだ。ディーバはベクターマシンの出動を迫られる。
ついに“機械天使アクエリオン”の合体するときが来た……。