つぼみとえりかが住む希望ヶ花市は、１年中四季折々の花に溢れる花の街だ。２人は、クラスメイトらと楽しい学園生活を送りながら、同級生として互いに
影響しあい、コンプレックスを克服しながら成長していく。そして周囲で起こ
るさまざまな事件やトラブルを、花言葉やファッションをヒントに解決してい
くのだ。ではそんな二人が何故プリキュアに変身することになったのか…？

つぼみとくるみは、あるとき２体の妖精(シプレ、コフレ)と出会い、選ばれた
伝説の戦士としてそれぞれキュアブロッサム、キュアマリンという名のプリ
キュアに変身。地球と全人類の支配を企む敵と戦うことになる。その敵とは
―。

　人は、誰しもこころに「花」を持っている。そのこころの花に、枯れるなど
の異変があると、全世界のこころの源である「こころの大樹」が枯れ、人々の
こころが支配されてしまうという。このことを知ったサバーク博士は、こころ
の花に異変を起こさせることによって人々を支配しようと考え、人類の支配者
たらんとする野望を抱いた。

キュアブロッサムとキュアマリンは、博士の野望を阻止するべく立ちあがり、
博士が送り込む敵(サソリーナ、クモジャキー、コブラージャ)と激しいバトル
を繰り広げることになるのだ。

サソリーナたちは、こころに悩みを抱えた人々から、枯れはじめた「こころの
花」を抜き取り、それを魔物に変えてプリキュアと戦わせる。プリキュアが魔
物と戦い、「こころの花」を取り返すと、その人は自分のこころが戦いを招い
たことを知って深く反省する。するとこころからマイナスな要素が消え、「こ
ころの花」が再び美しく咲くのである。

こころの花が美しく咲くと、妖精（シプレとコフレ）から「こころの種」が生
まれる。こころの種がたくさん集まると、「こころの大樹」が美しく花を咲か
せるとされる。プリキュアは、魔物を倒し、人々のこころの花を咲かせ、ここ
ろの種を集めることで、サバーク博士らの野望に挑んでいくのである。