20年ほど前に読んだ小室直樹氏の本に書いてあったのですが、
* スターリンは、ソ連の最高権力を握る前に既に書記長という職にあった。
* 他のライバルを次々に追い落とし、ソ連の最高権力を握ったが、スターリンの職名は書記長のままであった。
* 結果として、書記長がソ連最高権力者の職名となった。
* 他の共産主義国はソ連を真似して成立したので、書記長とか総書記というのが最高権力者の職名になった。
だそうです。他に納得できる説明を聞いたことはありません。

へー(;´Д`)