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一話にも出てきた魔法廷での死刑判決後、被告人は魔方陣に包まれ飲み込まれ消失します。
あの現象は死刑が即執行されてるわけではありません。被告人は別の場所に転送されているんです。
つまりまるで地獄の業火に焼かれて消失しているかのような演出を魔法廷裁判所はしている、と言う仕組みなんです。
だからセシルの母親も魔法廷で死刑判決受けてますが海上拘置所に収監されているわけです。
消失してたら母は存在していません。一話の被告人、音尾もまだ生きていて海上拘置所に収監されています。
もちろん法務大臣が執行命令書にサインしたら死刑が行われます。４話でもレイがセシルに言ってましたよね、この事。
（ちなみに現行法では死刑囚は刑務所ではなく拘置所に収容になります。刑務所は有罪が確定し受刑者として服役する施設。
ただ死刑囚だけは拘置所に収容し所内で刑が執行されるそうです）。
セシルの世界観では東京湾に浮かぶ海上拘置所が魔術使い死刑囚の収容場所として設定されています。一話でも外観が出てきましたよね。

ラノベのアニメ化とかならともかくオリジナル作品で作り手が補足しないといけないような造りでどうすんだよ(;´Д`)