水素の溶け込んだ水をペットボトル等のプラスチック容器に封印したとしても、水素の分子は小さいため、プラスチックや、金属でも単層の蒸着膜程度なら通り抜けてしまう。
水素水を保存・保管するには、ガラス瓶や金属缶、金属積層フィルムのパックなどが必要になる。