小林は、誘拐現場から10キロほど離れた奈良市三郷町にある自宅のアパートに女児を連れ込み、
楓ちゃんの頭を水がはってある浴槽に押さえつけ殺害した。殺害後、小林は楓ちゃんの歯を抜くなど残忍な手口で証拠隠滅を図った。
また、楓ちゃんが首からぶら下げていた携帯電話を使って楓ちゃんの遺体を撮影。
この画像を楓ちゃんの母親に送りつけるなど異常な行動をとった。