・主人公変更（対馬レオ→近衛素奈緒に）
・キャラデザ変更（全体的にやや丸顔に）
・キャラ設定が一部変更（中学同級のはずの素奈緒が転校生でレオの幼馴染になってる、
　レオが素奈緒を覚えてない、姫とよっぴーが百合関係など）
・生徒会室、通称「竜宮」が、竜宮城に
・キャラクター性に違和感（すぐ泣く素奈緒や泣かないカニ、別人のフカヒレなど）
・ヒロインによるアイキャッチが頻繁に挿入される
・主題歌がＯＰ／ＥＤともに変更
・声優陣がほぼ総入れ替え （新人声優の起用・大宮Pキャスティング）
・シリーズ構成・脚本担当者が原作をまったくプレイせずにシナリオを執筆（先入観に捕らわれないため）
・ツンが苦手と明言するＰ

インタビュー記事より
「原作通りにやっても原作には勝てないからPS2版の新キャラを使ってオリジナリティと新鮮味を出す」