西暦2000年、地球は超知性体ガンプに率いられたゼビウス軍の攻撃を受けた。
地球より遥かに進んだテクノロジーを有し、破壊不可能な物質イル・ドークト
で武装したゼビウス軍の前に、南アメリカは制圧された。打つ手を持たない人
類に、銀河の中心より非有機知性体シオナイトが救いの手を差し伸べた。シオ
ナイトの語るところによれば、現在地球に侵攻しつつあるガンプは、かつて紀
元前12000年の地球上に存在した文明により、人類に奉仕するために創造された
バイオコンピューターであるガンプの六つのレプリカの一つに過ぎない。宇宙
の癌ともいうべき邪悪な存在であったガンプは、自身のドークト（ESP能力）に
より逆に人類を支配しようとしたが、ガンプを構成する脳細胞の提供者であ
り、ドークトの持ち主であった超能力者ラスコ・クラトーにより破壊された。
しかし、ガンプは破壊される前に彼自身の六つのレプリカを宇宙の六つの惑星
に送り出していた。14000年後に六つの惑星が交錯（ファードラウト）する時、
地球上に真のガンプが再生され、全人類はガンプの奴隷となるのである。シオ
ナイトの助力により、イル・ドークトを破壊するスパリオを放つ戦闘機ソルバ
ルウを建造した人類は、ファードラウトを阻止すべく出撃する。