今回の時点での謎、もしくは検証ポイント

・血まみれ山で巨人が殺されて白線がひっぱってあった
・セントラルドグマにあるのがリリスで、アダムはカヲル君のそばにあった。ミサトはすでに知っている
（ただし現時点でどっちがアダムなのかリリスなのかは不明。）
・シンジがまた３番目なのかと、カヲル君は前作の記憶を継承してる。全裸
（リメイクとはいえなくらい話が違ってきており、カヲルの台詞から今作は別の世界の話、もしくは数千年後？）
・乳首解禁
・おしり丸出し解禁
・新キャラ登場、新エヴァ登場、量産型はカット？
・虹の演出が多い
・補完計画が２７次になっていた。（中間報告？）
・使徒のコアが消滅すると死体は血の海になって消滅
（ＡＴフィールドが維持できなくなり、ディラックの海に還る演出？）
・使途の数が減っている４番目がサキエルで残り８体。全１3使徒 （しかしラミエルを含めるのか不明のため13-14のどちらか）
・初号機起動時に無人の初号機がシンジをかばうシーンをカット
・綾波が笑うところでゲンドウのカットインなし
・月に前作の劇場版でついた、綾波の血のあとが残っている
・時に、西暦2015年のテロップがないため現在の時点で西暦何年なのか不明
・冒頭シーンが前作のラストシーン
・カヲル
　「わかっているよ。あちらの少年が目覚め、概括（がいかつ）の段階に入ったんだろ？
　また三番目とはね 。変わらないな君は 。会える時が楽しみだよ 碇シンジ君。」
・今作の死海文書には何故かレイとシンジを接近させるタイミング等、いろいろ細かく書かれている
・月に巨大綾波の血の跡らしきもの
・既に巨大な何かを倒したかのような白線
・所々に前作とのリンクを匂わせるシーン
・監督「エヴァは繰り返しの物語なんです」